Παρότι τα εργαλεία ΤΝ προσφέρουν πολλαπλά οφέλη, η υπερβολική εξάρτηση από αυτά ενδέχεται να έχει αρνητικές επιπτώσεις στη μαθησιακή διαδικασία. Ένας από τους κύριους κινδύνους είναι η μείωση της κριτικής σκέψης και της δημιουργικότητας, καθώς οι φοιτητές ενδέχεται να βασίζονται αποκλειστικά στις απαντήσεις που λαμβάνουν από την ΤΝ, χωρίς να ερευνούν περαιτέρω ή να αναπτύσσουν δικές τους αναλύσεις (Hornberger, Bewersdorff, & Nerdel, 2023) .
Ένα άλλο σημαντικό πρόβλημα είναι η πιθανότητα παραπληροφόρησης. Τα εργαλεία ΤΝ μπορεί να παράγουν λανθασμένες ή κατασκευασμένες πληροφορίες (hallucinations), γεγονός που μπορεί να οδηγήσει σε εσφαλμένα συμπεράσματα (Khosravi et al., 2022) . Επιπλέον, η αδυναμία των φοιτητών να αξιολογούν την αξιοπιστία των παραγόμενων δεδομένων μπορεί να υποβαθμίσει την ποιότητα της ακαδημαϊκής τους εργασίας.
Ένας ακόμα σημαντικός προβληματισμός αφορά την ακαδημαϊκή ακεραιότητα, καθώς η αλόγιστη χρήση εργαλείων ΤΝ μπορεί να οδηγήσει σε λογοκλοπή ή ανήθικη χρήση περιεχομένου (Chen, Xie, Zou, & Hwang, 2020) . Τα πανεπιστήμια ήδη προσπαθούν να αντιμετωπίσουν αυτά, θέτοντας περιορισμούς στη χρήση της ΤΝ στις εργασίες και τις εξετάσεις.
Τέλος, η τεχνολογική εξάρτηση αποτελεί έναν ιδιαίτερο κίνδυνο, καθώς η συνεχής χρήση των εργαλείων ΤΝ μπορεί να περιορίσει την αυτονομία των φοιτητών και να μειώσει τη δική τους προσπάθεια για αναζήτηση και κατανόηση της γνώσης (Kong et al., 2021). Για να αποφευχθούν αυτοί οι κίνδυνοι, είναι απαραίτητη η ανάπτυξη στρατηγικών για την ισορροπημένη χρήση της ΤΝ.